Les milliers de livres désherbés chaque année à la BPI sont sélectionnés en fonction de la charte documentaire de l’établissement. Une « seconde vie en dehors de la BPI» peut leur être envisagée, s’ils sont toujours en bon état.
Des documents sont régulièrement donnés à « des structures d’intérêt général ayant un projet lié à la lecture publique ». Les dons sont encadrés par une convention signée entre la BPI et la structure bénéficiaire, celle-ci s’engageant notamment à ne pas les revendre et s’effectuent pour moitié auprès d’associations humanitaires et de bibliothèques des établissements pénitentiaires. Enfin, les bibliothèques de conservation « sollicitent des dons plus ponctuels », notamment pour compléter leur fonds avec des livres aujourd’hui épuisés.
En 2015, la BPI a donné 8 427 documents à 59 structures localisées partout en France, parmi lesquelles :
- 23 bibliothèques d’établissements pénitentiaires ;
- 17 bibliothèques universitaires et spécialisées ;
- 6 associations du champ social ;
- 6 bibliothèques de collège et lycée ;
- 3 bibliothèques d'hôpital ;
- 4 associations humanitaires.